Nemuno delta (26 674 ha)

 
Tai pelkių ir seklių vandenų kompleksas, kuris apima Nemuno deltą, upės senvages, lagūninės kilmės ežerą, Kuršių marių pakrantes, užliejamas pievas, užmirkusius miškus ir pelkes. Projekto teritorija apima beveik visą Nemuno deltos regioninio parko teritoriją – paukščių apsaugai svarbias teritorijas (paskelbtas 2004 m.) ir buveinių apsaugai svarbias teritorijas (paskelbtas 2009 m.). 1993 m. Nemuno delta įrašyta į Ramsar teritorijų sąrašą. Nemuno deltos regioniniame parke, kuris buvo įsteigtas 1992 m., rezervatai užima 9,46 %, draustiniai – 40,60 % teritorijos, rekreacinės zonos – 1,21 %. Vietovei priskiriama tokia pagrindinė ūkinė veikla – žemės ūkio naudojimas, komercinė žvejyba, durpių kasyba Aukštumalos pelkėje, turizmas.

Nemuno delta yra išskirtinė teritorija biologinės įvairovės požiūriu. Čia tarpsta 680 rūšių augalai, tame tarpe 25 rūšių augalai įrašyti į Lietuvos raudonąją knygą. Deltoje registruota 750 gyvūnų rūšių. Žinduolių – 49, iš jų 3 saugomos Europos Bendrijos, 13 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Paukščių – 307, iš jų 62 saugomos Europos Bendrijos, 67 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Žuvų – 48, iš jų 9 saugomos Europos Bendrijos, 5 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Varliagyvių ir roplių – 16, iš jų 2 saugomos Europos Bendrijos, 3 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Bestuburių – 330, iš jų 1 saugoma Europos Bendrijos, 18 įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Nemuno delta ypač svarbi pasauliniu mastu nykstančių paukščių išsaugojimui: mažajai žąsiai, paprastajam griciukui, didžiajai kuolingai, stulgiui, meldinei nendrinukei. Čia peri iki 30 į Lietuvos raudonąją knygą įrašytų sparnuočių rūšių bei praktiškai visi mūsų šalyje aptinkami vandens paukščiai..  Delta yra labai svarbi migruojantiems paukščiams kaip poilsio ir mitybos teritorija. Migracijų metu čia telkiasi daugiau kaip 20 rūšių keliaujantys paukščiai, kurių apsauga svarbi tarptautiniu požiūriu, jų tarpe pažymėtini mažoji gulbė ir mažoji žąsis.  

Nemuno delta yra svarbi mažųjų ir upinių žuvėdrų buveinė. Iki 2000 metų deltoje kūrėsi virš 100 porų mažųjų žuvėdrų, tačiau dabar priskaičiuojama ne daugiau 30 perinčių porų. Tai sudaro 10 % šalies perinčių mažųjų žuvėdrų populiacijos. Žuvėdrų nykimą lėmė atvirų smėlio salų apaugimas aukštaūgėmis žolėmis, krūmais ir medeliais. 2007 m. deltoje priskaičiuota apie 150 perinčių upinių žuvėdrų porų, o 2009 m. – jau tiktai 90. Nykimo priežastys tos pačios – vietovių užaugimas žoline ir sumedėjusia augmenija. Nemuno deltoje įsikūrę 4 % šalies perinčių upinių žuvėdrų populiacijos.